Datensätze
Eine kuratierte Sammlung von Einzelzellanalysen. Öffnen Sie jeden Datensatz direkt in Cytely, um Methodik, Bildgebung und Ergebnisse zu erkunden.
DNA-Schäden & Genotoxizität: Foci-Zählung pro Zellkern
Zellen, die zwei Konzentrationen eines DNA-schädigenden Agens ausgesetzt und auf Zellkerne und DNA-Schadensfoci gefärbt wurden. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie Schadensfoci pro Zellkern gezählt, Aggregate durch Gating auf die Kernform ausgeschlossen und die mittleren Foci-Zahlen zwischen Behandlungsgruppen verglichen werden. Die Zahl der Foci pro Zellkern steigt mit der Konzentration des schädigenden Agens.
Quantifizierung der Gewebezellularität: Zählung von Zellkernen in Gewebeschnitten
Hämatoxylin-gefärbte humane Gewebeschnitte aus dem Human Protein Atlas. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie Zellkerne und Zellen über ganze Gewebeschnitte gezählt und die Zellularität pro Region ausgegeben werden. Jedes erkannte Objekt behält seine Position im Schnitt, sodass Regionen von Interesse direkt auf der Gewebekarte gegatet und nach Fläche, Umfang und Zirkularität verglichen werden können.
Protein-Kolokalisation: Salmonellen und ER-Membran
HeLa-Zellen, infiziert mit mCherry-markierter Salmonella enterica und mit einem ER-Tracker-Farbstoff gefärbt, aufgenommen mittels High-Content-Konfokalmikroskopie. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie sich die Kolokalisation zwischen intrazellulären Bakterien und dem endoplasmatischen Retikulum der Wirtszelle quantifizieren lässt, im Vergleich von Wildtyp- und isogenen ΔsifA-Mutantenstämmen.
Bakterien-Internalisierung: Salmonellen-infizierte HeLa-Zellen
HeLa-Zellen, infiziert mit mCherry-markierter Salmonella enterica und mittels High-Content-Konfokalmikroskopie aufgenommen. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie sich intrazelluläre Bakterien auf Einzelzellebene nachweisen und quantifizieren lassen, wobei die Anzahl der Bakterien pro Wirtszelle über verschiedene Pathogenkonzentrationen hinweg verglichen wird.
Zellmorphologie: Differenzierungszustände pluripotenter Stammzellen
Ein mehrkanaliger High-Content-Bilddatensatz humaner pluripotenter Stammzellen. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie sich Zellsubpopulationen mit Cytely anhand ihrer Morphologie untersuchen und unterscheiden lassen: Segmentierung von Zellkernen und Zytoplasma, Messung morphologischer Merkmale und Signalintensität sowie morphologisches Gating zur Isolierung und zum Vergleich unterschiedlicher Differenzierungszustände.
Spot- & Foci-Detektion: Zählung intrazellulärer Subobjekte
Ein mehrkanaliger High-Content-Bilddatensatz zur Erkennung intrazellulärer Spots und Foci. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie sich mit Cytely intrazelluläre Subobjekte auf Einzelzellebene nachweisen und quantifizieren lassen, wobei die Anzahl der Subobjekte pro Zelle über verschiedene experimentelle Bedingungen hinweg verglichen wird.
Lysosomale pH-Aktivität in FaDu- und HGFb-Zellen
Eine 4-Kanal-Konfokalaufnahme von FaDu- und HGFb-Zellen, die mit Autophagie-Modulatoren behandelt wurden. Autophagosomen tragen ein Tandem-TagRFP/Emerald-GFP-Label (das GFP wird unterhalb von pH 6 gequencht, während TagRFP stabil bleibt) und Lysosomen sind mit LysoTracker markiert, was einen ratiometrischen Auslesewert der Azidität ergibt. Cytely segmentiert Lysosomen und ermittelt die Lysosomenzahl pro Zelle über verschiedene Wirkstoff-Behandlungsgruppen hinweg, darunter Bafilomycin und BEZ.
Multiplex-Bildgebungsanalyse
Eine 5-Kanal-Cell-Painting-Aufnahme humaner U2OS-Zellen aus einem Compound-Profiling-Screen von ~1.600 bioaktiven Substanzen. Cytely segmentiert Zellkerne, Zytoplasma, Nukleoli, Concanavalin-A-Puncta und Mitochondrien und ermittelt anschließend Morphologie und Objektzahlen pro Zelle über die verschiedenen Behandlungsgruppen mit niedermolekularen Substanzen hinweg.
Multi-Marker-Foci-Assoziation
Eine Mehrkanal-Aufnahme zur Detektion mehrerer DNA-Schaden-Foci-Marker auf Einzelzellebene. Cytely segmentiert Zellkerne, detektiert Foci über die Kanäle hinweg und ermittelt Anzahl, Intensität und Fläche der Foci pro Zelle in Zellen, die einem DNA-schädigenden Agens ausgesetzt waren.
Beispiel für Subobjekt-Quantifizierung
Eine 3-Kanal-Aufnahme (DAPI, FITC, CY5). Cytely segmentiert Elternzellen und detektiert kleinere Objekte in ihnen und ermittelt die Kindobjektzahl und die Gesamtfläche der Kindobjekte pro Elternobjekt zusammen mit der Elternmorphologie.
Leishmania-Infektion von Makrophagen
Eine 2-Kanal-Aufnahme von aus Knochenmark gewonnenen Makrophagen, die mit Leishmania major infiziert wurden. Cytely segmentiert die Wirtszellen und detektiert intrazelluläre Parasiten als Unterobjekte und ermittelt die Parasitenzahl pro Wirtszelle. Quelle: Juez et al., figshare 2023.
Benchmark Nukleäre Translokation (BBBC014v1)
Eine 2-Kanal-Aufnahme (DAPI-Kerngegenfärbung + FITC-NF-κB-Signal) aus dem BBBC014-Benchmark: die Zytoplasma-zu-Kern-Translokation des Transkriptionsfaktors NF-κB in MCF7- und A549-Zellen als Reaktion auf TNF-α. Cytely segmentiert Zellkerne und das umgebende Zytoplasma und ermittelt das nukleäre/zytoplasmatische NF-κB-Intensitätsverhältnis pro Zelle, das dosisabhängig mit TNF-α ansteigt.
Lipidtröpfchen-Akkumulation
Eine 3-Kanal-Aufnahme aus einem Drug-Repurposing-Screen zur Phospholipidose. Cytely segmentiert Zellen und detektiert Lipidtröpfchen als Unterobjekte und ermittelt pro Zelle die Tröpfchenzahl, die mittlere Tröpfchenfläche und die Gesamttröpfchenfläche. Quelle: Kuzikov et al., Patterns 2026 (idr0171).
Spot-Aufnahme in Zellen
Eine 3-Kanal-Aufnahme, verarbeitet mit einer Pipeline mit zwei Unterobjekt-Ebenen: Zellkerne werden als Elternobjekte segmentiert, Spots/Peaks als Kindobjekte detektiert und ihren Wirtszellen zugeordnet. Der primäre Auslesewert ist die Anzahl der detektierten Kindobjekte (Spots) pro Zelle. Quelle: Rees et al., Nature Communications 2019 (S-BSST249).
Zellzyklusarrest in Brustkrebszellen
Eine 4-Kanal-Aufnahme (Hoechst, Phospho-Rb, p21, EdU) von Brustkrebszellen. Cytely segmentiert Zellkerne aus dem Hoechst-Signal und misst die Intensität pro Zellkern über alle vier Kanäle hinweg, wodurch ein Auslesewert pro Zelle für die EdU-positive Population (S-Phase) entsteht. Quelle: Weston et al., Sci Data 2024 (S-BIAD1013).
THP-1-Phagozytose-Assay
THP-1-Zellen, gefärbt mit Weizenkeim-Agglutinin (orange) und DAPI (blau), die mit Antikörpern opsonierte fluoreszierende Beads (grün) phagozytiert haben. Dieser Datensatz präsentiert die Phagozytose-Assay-Fähigkeiten von Cytely zur Messung der Partikelaufnahme durch Immunzellen.
Transfektionseffizienz: Doppeltransfektion mit Aktin und Integrin
HeLa-Zellen, transfiziert mit Integrin- (orange/TRITC) und Aktin-Plasmiden (rot/Cy5), mit zusätzlicher DAPI-Kernfärbung (blau) und Weizenkeim-Agglutinin-Membranfärbung (grün/FITC). Dieser Datensatz zeigt, wie sich die Transfektionseffizienz sowohl für Einzel- als auch für Doppel-Plasmid-Transfektionen bestimmen lässt. Er zeigt eine relativ niedrige Transfektionseffizienz und verdeutlicht damit den Nutzen von Cytely für die Methodenoptimierung.
Zellzyklus-Analyse: Mitotische Zellen in HeLa-Kulturen
Klassifizierung von Zellzyklusstadien in HeLa-Zellen mittels morphologiebasierter Analyse mit ausschließlich standardmäßiger Kernfärbung. Dieser Datensatz demonstriert die Identifikation von Zellzyklusphasen (G0/G1, S/G2, M) anhand der Kernmorphologie ohne spezialisierte Farbstoffe. Aus insgesamt ~5.500 Zellen wurden durch sequentielles Gating basierend auf Kerneigenschaften erfolgreich 164 mitotische Zellen (3 %) isoliert.
Blutzellanalyse: Neutrophile
Analyse von Zellpopulationen in Vollblutproben, die gemischte Populationen von Leukozyten, Thrombozyten und Erythrozyten (RBCs) enthalten. Dieser Datensatz demonstriert die schnelle Identifikation und Quantifizierung verschiedener Blutzelltypen auf Einzelzellebene mittels Streudiagrammen und intuitivem Gating. Er identifiziert erfolgreich Neutrophile (57 %), Thrombozyten (11 %) und RBCs (12 %) aus einer heterogenen Probe.
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