Tissue Cellularity Quantification - Nuclei Counting in Tissue Sections
Hämatoxylin-gefärbte humane Gewebeschnitte aus dem Human Protein Atlas. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie Zellkerne und Zellen über ganze Gewebeschnitte gezählt und die Zellularität pro Region ausgegeben werden. Jedes erkannte Objekt behält seine Position im Schnitt, sodass Regionen von Interesse direkt auf der Gewebekarte gegatet und nach Fläche, Umfang und Zirkularität verglichen werden können.
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Methodik
Hellfeldaufnahmen Hämatoxylin-gefärbter Gewebeschnitte aus dem Human Protein Atlas. Zunächst wird eine Segmentierungsmaske für den gesamten Gewebeschnitt erstellt. Die Zellkerne werden mit Overlapping Background Segmentation segmentiert; ein Watershed-Schritt trennt aneinanderliegende Kerne, die dasselbe Label erhalten haben. Anschließend dienen die Kerne als Seeds für die Segmentierung des umgebenden Zytoplasmas, um Gesamtzellzahlen zu erhalten. Die Ergebnisse werden in einem Punktdiagramm pro Objektträger geprüft: Durch Hineinzoomen in einen Objektträger und Zeichnen eines Gates wird eine Geweberegion isoliert, und das Gate wird auf die nachgelagerten Diagramme und die Übersichtskarte übertragen. Fläche, Umfang und Zirkularität werden pro Objekt dargestellt.
Namensnennung
Images from the Human Protein Atlas (proteinatlas.org), available under CC BY 4.0. Uhlén M et al., "Tissue-based map of the human proteome." Science 347(6220):1260419, 2015. https://doi.org/10.1126/science.1260419
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