DNA Damage & Genotoxicity - Foci Counting per Nucleus
Zellen, die zwei Konzentrationen eines DNA-schädigenden Agens ausgesetzt und auf Zellkerne und DNA-Schadensfoci gefärbt wurden. Dieser Beispiel-Datensatz zeigt, wie Schadensfoci pro Zellkern gezählt, Aggregate durch Gating auf die Kernform ausgeschlossen und die mittleren Foci-Zahlen zwischen Behandlungsgruppen verglichen werden. Die Zahl der Foci pro Zellkern steigt mit der Konzentration des schädigenden Agens.
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Methodik
Zweikanalige Fluoreszenzaufnahmen von Zellkernen und DNA-Schadensfoci aus Zellen, die mit zwei Konzentrationen eines DNA-schädigenden Agens behandelt wurden. Die Zellkerne werden mit Segment Cell Nuclei segmentiert und mit Fill Holes bereinigt. Die Foci werden mit einem FFT-Hochpassfilter hervorgehoben und mit Overlapping Background Segmentation segmentiert; ein Peak Seeder mit anschließendem Flood Fill trennt benachbarte Foci, die sich ein Label teilen. Associate Objects und Join Sub Objects ordnen die Foci ihrem übergeordneten Zellkern zu und zählen sie. In den Ergebnissen dient ein Diagramm von Kernfläche gegen Umfang dazu, Aggregate per Gating auszuschließen; ein Punktdiagramm zeigt die Foci pro Zellkern und ein Balkendiagramm vergleicht die mittlere Foci-Zahl pro Zellgruppe.
Namensnennung
Images provided by Aris Polyzos at Lawrence Berkeley National Laboratory.
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