Jeux de données
Une collection sélectionnée d'analyses unicellulaires. Ouvrez n'importe quel jeu de données directement dans Cytely pour explorer la méthodologie, l'imagerie et les résultats.
Dommages à l'ADN et génotoxicité : comptage des foci par noyau
Cellules exposées à deux concentrations d'un agent génotoxique et marquées pour les noyaux et les foyers de dommages à l'ADN. Ce jeu de données d'exemple montre comment compter les foyers de dommages par noyau, exclure les agrégats par gating sur la forme nucléaire et comparer le nombre moyen de foyers entre groupes de traitement. Le nombre de foyers par noyau augmente avec la concentration de l'agent génotoxique.
Quantification de la cellularité tissulaire : comptage des noyaux sur coupes de tissu
Coupes de tissus humains colorées à l'hématoxyline provenant du Human Protein Atlas. Ce jeu de données d'exemple montre comment compter les noyaux et les cellules sur des coupes de tissu entières et rapporter la cellularité par région. Chaque objet détecté conserve sa position dans la coupe, de sorte que les régions d'intérêt peuvent être délimitées directement sur la carte du tissu et comparées selon l'aire, le périmètre et la circularité.
Colocalisation de protéines : Salmonella et membrane du RE
Cellules HeLa infectées par Salmonella enterica marquée à la mCherry et colorées avec un marqueur ER-tracker, acquises par microscopie confocale à haut contenu. Ce jeu de données d'exemple montre comment quantifier la colocalisation entre les bactéries intracellulaires et le réticulum endoplasmique de l'hôte, en comparant les souches de type sauvage et les mutants isogéniques ΔsifA.
Internalisation bactérienne : cellules HeLa infectées par Salmonella
Cellules HeLa infectées par Salmonella enterica marquée à la mCherry, acquises par microscopie confocale à haut contenu. Ce jeu de données d'exemple montre comment détecter et quantifier les bactéries intracellulaires à l'échelle de la cellule unique, en comparant le nombre de bactéries par cellule hôte selon différentes concentrations de pathogène.
Morphologie cellulaire : états de différenciation de cellules souches pluripotentes
Un jeu de données d'imagerie à haut contenu multicanal de cellules souches pluripotentes humaines. Ce jeu de données d'exemple montre comment explorer et distinguer des sous-populations cellulaires selon leur morphologie avec Cytely : segmentation des noyaux et du cytoplasme, mesure des caractéristiques morphologiques et de l'intensité du signal, et gating morphologique pour isoler et comparer des états de différenciation distincts.
Détection de spots et de foci : comptage de sous-objets intracellulaires
Un jeu de données d'imagerie à haut contenu multicanal pour la détection de spots et de foci intracellulaires. Ce jeu de données d'exemple montre comment détecter et quantifier des sous-objets intracellulaires à l'échelle de la cellule unique avec Cytely, en comparant le nombre de sous-objets par cellule selon différentes conditions expérimentales.
Activité pH lysosomale dans les cellules FaDu et HGFb
Acquisition confocale à 4 canaux de cellules FaDu et HGFb traitées avec des modulateurs de l'autophagie. Les autophagosomes portent un marqueur tandem TagRFP/Emerald-GFP (la GFP est éteinte en dessous de pH 6 tandis que la TagRFP reste stable) et les lysosomes sont marqués au LysoTracker, ce qui fournit une lecture ratiométrique de l'acidité. Cytely segmente les lysosomes et rapporte le nombre de lysosomes par cellule à travers les différents groupes de traitement médicamenteux, dont la Bafilomycine et le BEZ.
Analyse d'imagerie multiplexée
Acquisition Cell Painting à 5 canaux de cellules humaines U2OS issue d'un criblage de profilage de composés portant sur environ 1 600 composés bioactifs. Cytely segmente les noyaux, le cytoplasme, les nucléoles, les puncta de concanavaline A et les mitochondries, puis rapporte la morphologie et le nombre d'objets par cellule à travers les différents groupes de traitement par petites molécules.
Association de foci multi-marqueurs
Acquisition multicanal pour la détection de multiples marqueurs de foci de dommages à l'ADN au niveau de la cellule unique. Cytely segmente les noyaux, détecte les foci à travers les canaux et rapporte le nombre, l'intensité et l'aire des foci par cellule dans des cellules exposées à un agent endommageant l'ADN.
Exemple de quantification de sous-objets
Acquisition à 3 canaux (DAPI, FITC, CY5). Cytely segmente les cellules parentes et détecte les objets plus petits qu'elles contiennent, rapportant le nombre d'enfants et l'aire totale des enfants par parent aux côtés de la morphologie du parent.
Infection de macrophages par Leishmania
Acquisition à 2 canaux de macrophages dérivés de la moelle osseuse infectés par Leishmania major. Cytely segmente les cellules hôtes et détecte les parasites intracellulaires comme sous-objets, rapportant le nombre de parasites par cellule hôte. Source : Juez et al., figshare 2023.
Benchmark de translocation nucléaire (BBBC014v1)
Acquisition à 2 canaux (contre-coloration nucléaire DAPI + signal FITC NF-κB) issue du benchmark BBBC014 : translocation cytoplasme-vers-noyau du facteur de transcription NF-κB dans des cellules MCF7 et A549 en réponse au TNF-α. Cytely segmente les noyaux et le cytoplasme environnant et rapporte le rapport d'intensité NF-κB nucléaire/cytoplasmique par cellule, qui augmente de manière dose-dépendante avec le TNF-α.
Accumulation de gouttelettes lipidiques
Acquisition à 3 canaux issue d'un criblage de repositionnement médicamenteux sur la phospholipidose. Cytely segmente les cellules et détecte les gouttelettes lipidiques comme sous-objets, rapportant le nombre de gouttelettes, l'aire moyenne des gouttelettes et l'aire totale des gouttelettes par cellule. Source : Kuzikov et al., Patterns 2026 (idr0171).
Capture de spots dans les cellules
Acquisition à 3 canaux traitée avec un pipeline à double sous-objet : les noyaux cellulaires sont segmentés comme objets parents, les spots/pics sont détectés comme enfants et associés à leurs cellules hôtes. La lecture principale est le nombre d'enfants détectés (spots) par cellule. Source : Rees et al., Nature Communications 2019 (S-BSST249).
Arrêt du cycle cellulaire dans des cellules de cancer du sein
Acquisition à 4 canaux (Hoechst, Phospho-Rb, p21, EdU) de cellules de cancer du sein. Cytely segmente les noyaux à partir du Hoechst et mesure l'intensité par noyau sur les quatre canaux, produisant une lecture par cellule pour la population EdU-positive (phase S). Source : Weston et al., Sci Data 2024 (S-BIAD1013).
Test de phagocytose THP-1
Cellules THP-1 colorées à l'agglutinine de germe de blé (orange) et au DAPI (bleu) ayant phagocyté des billes fluorescentes (vert) opsonisées par un anticorps. Ce jeu de données met en valeur les capacités du test de phagocytose de Cytely pour mesurer l'internalisation de particules par les cellules immunitaires.
Efficacité de transfection : double transfection actine et intégrine
Cellules HeLa transfectées avec des plasmides d'intégrine (orange/TRITC) et d'actine (rouge/Cy5), avec en complément un marquage nucléaire au DAPI (bleu) et un marquage membranaire à l'agglutinine de germe de blé (vert/FITC). Ce jeu de données montre comment déterminer l'efficacité de transfection pour des transfections à un seul et à deux plasmides. Il révèle une efficacité de transfection relativement faible, soulignant l'intérêt de Cytely pour l'optimisation des méthodes.
Analyse du cycle cellulaire : cellules mitotiques dans des cultures HeLa
Classification des stades du cycle cellulaire dans des cellules HeLa au moyen d'une analyse fondée sur la morphologie avec un simple marquage nucléaire standard. Ce jeu de données démontre l'identification des phases du cycle cellulaire (G0/G1, S/G2, M) à partir de la morphologie nucléaire, sans colorants spécialisés. Il a permis d'isoler avec succès 164 cellules mitotiques (3 %) parmi environ 5 500 cellules au total grâce à un gating séquentiel fondé sur les caractéristiques nucléaires.
Analyse des cellules sanguines : neutrophiles
Analyse de populations cellulaires dans des échantillons de sang total contenant des populations mixtes de leucocytes, de plaquettes et de globules rouges (GR). Ce jeu de données démontre l'identification et la quantification rapides des différents types de cellules sanguines au niveau de la cellule unique grâce à des nuages de points et à un gating intuitif. Il identifie avec succès les neutrophiles (57 %), les plaquettes (11 %) et les GR (12 %) à partir d'un échantillon hétérogène.
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