Tissue Cellularity Quantification - Nuclei Counting in Tissue Sections
Coupes de tissus humains colorées à l'hématoxyline provenant du Human Protein Atlas. Ce jeu de données d'exemple montre comment compter les noyaux et les cellules sur des coupes de tissu entières et rapporter la cellularité par région. Chaque objet détecté conserve sa position dans la coupe, de sorte que les régions d'intérêt peuvent être délimitées directement sur la carte du tissu et comparées selon l'aire, le périmètre et la circularité.
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Méthodologie
Images en fond clair de coupes de tissu colorées à l'hématoxyline issues du Human Protein Atlas. Un masque de segmentation est d'abord créé pour l'ensemble de la coupe. Les noyaux sont segmentés avec Overlapping Background Segmentation, et une étape de watershed sépare les noyaux accolés ayant reçu la même étiquette. Les noyaux servent ensuite de germes pour segmenter le cytoplasme environnant et obtenir des comptages de cellules entières. Les résultats sont inspectés sur un nuage de points par lame : en zoomant sur une lame et en traçant une porte, on isole une région du tissu, et la porte se propage aux graphiques en aval et à la carte d'ensemble. L'aire, le périmètre et la circularité sont tracés par objet.
Attribution
Images from the Human Protein Atlas (proteinatlas.org), available under CC BY 4.0. Uhlén M et al., "Tissue-based map of the human proteome." Science 347(6220):1260419, 2015. https://doi.org/10.1126/science.1260419
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