DNA Damage & Genotoxicity - Foci Counting per Nucleus
Cellules exposées à deux concentrations d'un agent génotoxique et marquées pour les noyaux et les foyers de dommages à l'ADN. Ce jeu de données d'exemple montre comment compter les foyers de dommages par noyau, exclure les agrégats par gating sur la forme nucléaire et comparer le nombre moyen de foyers entre groupes de traitement. Le nombre de foyers par noyau augmente avec la concentration de l'agent génotoxique.
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Méthodologie
Images de fluorescence à deux canaux des noyaux et des foyers de dommages à l'ADN de cellules traitées avec deux concentrations d'un agent génotoxique. Les noyaux sont segmentés avec Segment Cell Nuclei et nettoyés avec Fill Holes. Les foyers sont rehaussés par un filtre passe-haut FFT et segmentés avec Overlapping Background Segmentation ; un peak seeder suivi d'un flood fill sépare les foyers adjacents partageant une étiquette. Associate Objects et Join Sub Objects attribuent les foyers à leur noyau parent et les comptent. Dans les résultats, un graphique aire/périmètre nucléaire permet d'exclure les agrégats par gating, un nuage de points montre les foyers par noyau et un diagramme en barres compare le nombre moyen de foyers par groupe de cellules.
Attribution
Images provided by Aris Polyzos at Lawrence Berkeley National Laboratory.
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