データセット
シングルセル解析のキュレーションされたコレクションです。任意のデータセットをCytelyで直接開き、手法、イメージング、結果を確認できます。
Protein Co-localization - Salmonella and ER Membrane
mCherryで標識したSalmonella entericaを感染させ、ER-tracker色素で染色したHeLa細胞を、ハイコンテント共焦点顕微鏡で撮像したデータセットです。この例では、細胞内細菌と宿主の小胞体との共局在を定量し、野生型と同質遺伝子系のΔsifA変異株を比較する方法を示します。
Bacteria Internalization - Salmonella Infected HeLa Cells
mCherryで標識したSalmonella entericaを感染させたHeLa細胞を、ハイコンテント共焦点顕微鏡で撮像したデータセットです。この例では、細胞内細菌を単一細胞レベルで検出・定量し、異なる病原体濃度間で宿主細胞あたりの細菌数を比較する方法を示します。
Cell Morphology - Pluripotent Stem Cell Differentiation States
ヒト多能性幹細胞のマルチチャネル・ハイコンテント画像データセットです。この例では、Cytelyを用いて形態に基づき細胞サブ集団を探索・識別する方法を示します。核と細胞質をセグメント化し、形態的特徴とシグナル強度を測定し、形態ゲーティングにより異なる分化状態を分離・比較します。
Spot & Foci Detection - Intracellular Sub-Object Counting
細胞内のスポット・フォーカス検出のためのマルチチャネル・ハイコンテント画像データセットです。この例では、Cytelyを用いて細胞内サブオブジェクトを単一細胞レベルで検出・定量し、異なる実験条件間で細胞あたりのサブオブジェクト数を比較する方法を示します。
Lysosomal pH Activity in FaDu and HGFb Cells
オートファジー調節剤で処理したFaDu細胞およびHGFb細胞の4チャネル共焦点取得データです。オートファゴソームはタンデムのTagRFP/Emerald-GFPで標識され（GFPはpH 6未満でクエンチされ、TagRFPは安定を保ちます）、リソソームはLysoTrackerで標識されており、酸性度のレシオメトリックな読み出しが得られます。CytelyはリソソームをセグメンテーションしBafilomycinやBEZを含む薬剤処理群にわたって細胞ごとにリソソーム数を報告します。
Multiplex Imaging Analysis
約1,600種の生理活性化合物の化合物プロファイリングスクリーニング由来の、ヒトU2OS細胞の5チャネルCell Painting取得データです。Cytelyは核、細胞質、核小体、concanavalin-A斑点、ミトコンドリアをセグメンテーションし、低分子処理群にわたって細胞ごとの形態およびオブジェクト数を報告します。
Multi-Marker Foci Association
単一細胞レベルで複数のDNA損傷フォーサイマーカーを検出するためのマルチチャネル取得データです。Cytelyは核をセグメンテーションし、チャネルにわたってフォーサイを検出し、DNA損傷剤に曝露した細胞について細胞ごとのフォーサイ数、強度、面積を報告します。
Sub-Object Quantification Example
3チャネル取得データ（DAPI、FITC、CY5）です。Cytelyは親細胞をセグメンテーションし、その内部のより小さなオブジェクトを検出し、親の形態とともに親ごとの子の数と総子面積を報告します。
Leishmania Infection of Macrophages
Leishmania majorに感染した骨髄由来マクロファージの2チャネル取得データです。Cytelyは宿主細胞をセグメンテーションし、細胞内寄生虫をサブオブジェクトとして検出し、宿主細胞ごとの寄生虫数を報告します。 出典: Juez et al., figshare 2023。
Nuclear Translocation Benchmark (BBBC014v1)
BBBC014ベンチマーク由来の2チャネル取得データ（DAPI核対比染色 + FITC NF-κBシグナル）です。TNF-αに応答したMCF7細胞およびA549細胞における転写因子NF-κBの細胞質から核への移行を扱います。Cytelyは核と周囲の細胞質をセグメンテーションし、細胞ごとの核/細胞質NF-κB強度比を報告します。この比はTNF-αに対して用量依存的に上昇します。
Lipid Droplet Accumulation
リン脂質症の薬剤リポジショニングスクリーニング由来の3チャネル取得データです。Cytelyは細胞をセグメンテーションし、脂質滴をサブオブジェクトとして検出し、細胞ごとの脂質滴数、平均脂質滴面積、総脂質滴面積を報告します。 出典: Kuzikov et al., Patterns 2026 (idr0171)。
Spot Uptake in Cells
デュアルサブオブジェクトパイプラインで処理した3チャネル取得データです。細胞核を親オブジェクトとしてセグメンテーションし、スポット/ピークを子として検出してそれぞれの宿主細胞に関連付けます。主要な読み出しは細胞ごとに検出された子（スポット）の数です。 出典: Rees et al., Nature Communications 2019 (S-BSST249)。
Cell Cycle Arrest in Breast Cancer Cells
乳がん細胞の4チャネル取得データ（Hoechst、Phospho-Rb、p21、EdU）です。CytelyはHoechstから核をセグメンテーションし、4つすべてのチャネルにわたって核ごとの強度を測定し、EdU陽性（S期）集団について細胞ごとの読み出しを生成します。 出典: Weston et al., Sci Data 2024 (S-BIAD1013)。
THP-1 Phagocytosis Assay
wheat germ agglutinin（オレンジ）およびDAPI（青）で染色され、抗体でオプソニン化された蛍光ビーズ（緑）を貪食したTHP-1細胞です。このデータセットは、免疫細胞による粒子取り込みを測定するCytelyの貪食アッセイ機能を紹介します。
Transfection Efficiency - Actin and Integrin Double Transfection
integrin（オレンジ/TRITC）およびactin（赤/Cy5）プラスミドをトランスフェクションし、さらにDAPI（青）核染色とwheat germ agglutinin（緑/FITC）膜染色を施したHeLa細胞です。このデータセットは、単一および二重プラスミドトランスフェクションの両方についてトランスフェクション効率を判定する方法を示します。比較的低いトランスフェクション効率を示しており、手法最適化におけるCytelyの価値を浮き彫りにしています。
Cell Cycle Analysis - Mitotic Cells in HeLa Cultures
標準的な核染色のみを用いた形態ベースの解析による、HeLa細胞の細胞周期段階の分類です。このデータセットは、専用の色素を用いずに核の形態を使って細胞周期の各期（G0/G1、S/G2、M）を同定する方法を示します。核の特性に基づく逐次ゲーティングにより、約5,500個の全細胞から164個の分裂期細胞（3%）の単離に成功しました。
Blood Cell Analysis - Neutrophils
白血球、血小板、赤血球（RBC）の混合集団を含む全血サンプル中の細胞集団を解析します。このデータセットは、散布図と直感的なゲーティングを通じて、単一細胞レベルでさまざまな血球種を迅速に同定・定量する方法を示します。不均一なサンプルから好中球（57%）、血小板（11%）、RBC（12%）の同定に成功しています。