DNA Damage & Genotoxicity - Foci Counting per Nucleus

DNA損傷剤に2種類の濃度で曝露し、核とDNA損傷フォーサイを染色した細胞です。このデータセット例では、核ごとの損傷フォーサイを計数し、核の形状でゲーティングして凝集体を除外し、処理群間で平均フォーサイ数を比較する方法を示します。核あたりのフォーサイ数は損傷剤の濃度とともに増加します。

DNA Damage & Genotoxicity - Foci Counting per Nucleus
525件の検出
データポイント525
応用分野
創薬がん研究細胞生物学
ライセンス学術利用のみ

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手法

DNA損傷剤を2種類の濃度で処理した細胞の、核とDNA損傷フォーサイの2チャネル蛍光画像。核はSegment Cell Nucleiでセグメンテーションし、Fill Holesで整えます。フォーサイはFFTハイパスフィルターで強調した後、Overlapping Background Segmentationでセグメンテーションします。同じラベルを共有する隣接フォーサイは、ピークシーダーとフラッドフィルで分離します。Associate ObjectsとJoin Sub Objectsで各フォーサイを親となる核に割り当てて計数します。結果では、核の面積と周囲長のプロットで凝集体をゲーティングにより除外し、ドットプロットで核あたりのフォーサイ数を表示し、棒グラフで細胞群ごとの平均フォーサイ数を比較します。

帰属情報

貢献者Aris Polyzos
所属機関Lawrence Berkeley National Laboratory
引用形式
Images provided by Aris Polyzos at Lawrence Berkeley National Laboratory.

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