Tissue Cellularity Quantification - Nuclei Counting in Tissue Sections

Human Protein Atlasのヘマトキシリン染色組織切片の明視野画像。まず組織切片全体のセグメンテーションマスクを作成します。核はOverlapping Background Segmentationでセグメンテーションし、同じラベルが割り当てられた隣接核はウォーターシェッド処理で分離します。次に核をシードとして周囲の細胞質をセグメンテーションし、全細胞数を求めます。結果はスライドごとのドットプロットで確認します。スライドを拡大してゲートを描くと組織領域が抽出され、そのゲートは下流のプロットと概要マップに反映されます。面積、周囲長、円形度をオブジェクトごとにプロットします。