En microscopie, le passage de l'observation qualitative aux données quantitatives constitue un défi majeur. L'analyse manuelle est sujette au biais de l'utilisateur et s'avère impraticable pour les grands jeux de données, tandis que de nombreuses solutions automatisées peuvent masquer le lien entre les données quantitatives et le contexte visuel d'origine. Cytely est un outil web conçu pour relever ces défis en intégrant la segmentation automatisée des images à l'exploration interactive des données. Il offre un flux de travail structuré permettant de dériver des métriques quantitatives à partir de populations cellulaires et de relier ces métriques à leurs images sources en temps réel.
Pour faciliter ce passage des images brutes à des données exploitables, Cytely s'articule autour d'un ensemble de fonctionnalités clés. Chacune est conçue pour traiter, analyser et visualiser systématiquement l'information cellulaire, afin que les résultats quantitatifs restent directement liés à leur origine visuelle.
Fonctionnalités clés de la plateforme :
Segmentation et mesure automatisées des objets : Le logiciel effectue d'abord la détection et la segmentation automatisées des objets, généralement les noyaux, au sein d'une image. Pour chaque objet identifié, il calcule un ensemble de paramètres morphologiques et d'intensité, notamment la surface, la circularité, la longueur des axes majeur et mineur et l'intensité de fluorescence moyenne par canal. Ce processus génère un jeu de données complet représentant l'ensemble de la population cellulaire.
Visualisation interactive des données et fenêtrage : Les données quantitatives sont présentées dans des nuages de points interactifs. Les utilisateurs peuvent représenter n'importe quel paramètre mesuré en fonction d'un autre pour visualiser la distribution des populations. Sur ces graphiques, des régions d'intérêt, ou « fenêtres » (gates), peuvent être tracées pour isoler des sous-populations spécifiques. Cela permet d'écarter objectivement les débris et les agrégats, ou de sélectionner des cellules selon des critères phénotypiques précis (par exemple une fluorescence élevée ou une taille donnée).
Lien direct entre image et données : Un élément clé du flux de travail est le lien permanent entre les points de données des nuages de points et les cellules de l'image d'origine. La sélection d'une population fenêtrée sur un graphique met immédiatement en surbrillance les cellules correspondantes sur l'image source et les affiche sous forme de vignettes individuelles recadrées. Cette boucle de rétroaction visuelle est essentielle pour vérifier les stratégies de fenêtrage et confirmer la morphologie des sous-populations analysées.
Cette approche offre une méthode plus objective et reproductible pour des tâches telles que le comptage cellulaire, le contrôle qualité et l'identification de populations cellulaires phénotypiquement distinctes au sein d'un échantillon complexe.