Tissue Cellularity Quantification - Nuclei Counting in Tissue Sections
Secciones de tejido humano teñidas con hematoxilina procedentes del Human Protein Atlas. Este conjunto de datos de ejemplo muestra cómo contar núcleos y células en secciones de tejido completas e informar la celularidad por región. Cada objeto detectado conserva su posición en la sección, de modo que las regiones de interés pueden delimitarse directamente sobre el mapa del tejido y compararse por área, perímetro y circularidad.
Véalo en acción
Vea cómo se analizó este conjunto de datos de principio a fin en Cytely.
Metodología
Imágenes de campo claro de secciones de tejido teñidas con hematoxilina del Human Protein Atlas. Primero se crea una máscara de segmentación para toda la sección de tejido. Los núcleos se segmentan con Overlapping Background Segmentation y un paso de watershed separa los núcleos en contacto que recibieron la misma etiqueta. Los núcleos se usan después como semillas para segmentar el citoplasma circundante y obtener recuentos de células completas. Los resultados se inspeccionan en un gráfico de puntos por portaobjetos: al ampliar un portaobjetos y dibujar una puerta se aísla una región del tejido, y la puerta se propaga a los gráficos posteriores y al mapa general. El área, el perímetro y la circularidad se representan por objeto.
Atribución
Images from the Human Protein Atlas (proteinatlas.org), available under CC BY 4.0. Uhlén M et al., "Tissue-based map of the human proteome." Science 347(6220):1260419, 2015. https://doi.org/10.1126/science.1260419
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