Wenn Sie mit Cytely analysierte Daten veröffentlichen, nennen Sie Cytely bitte in Ihrem Methodenteil, fügen Sie einen Link zur Cytely-Publikation in Ihre Erklärung zur Datenverfügbarkeit (Data Availability Statement) ein und beschreiben Sie kurz den verwendeten Analyse-Workflow.
1. Cytely im Methodenteil zitieren
Bitte geben Sie an, dass die Bildanalyse mit Cytely durchgeführt wurde, und beschreiben Sie die wichtigsten Analyseschritte so detailliert, dass Leser sie nachvollziehen können. Beispieltext für den Methodenteil:
„Die Bildanalyse wurde mit Cytely durchgeführt. Einzelne Zellen/Zellkerne wurden aus dem [Kanal/Färbung]-Kanal mittels [Segmentierungsmethode] segmentiert. Fluoreszenzintensität, Morphologie und räumliche Merkmale wurden mit Einzelzellauflösung quantifiziert. Die Zellen wurden anhand von [Kriterien kurz beschreiben, z. B. Größe, Kernintensität, Markerintensität, Morphologie oder manuell definierte Gates] gefiltert und gegatet. Die resultierenden Einzelzellmesswerte wurden für die nachfolgende Analyse von [biologische Messgröße kurz beschreiben] verwendet.“
Sie müssen nicht jedes interne Implementierungsdetail beschreiben. Beschreiben Sie stattdessen die wesentlichen Schritte des Workflows, darunter: welche Bilder/Kanäle analysiert wurden wie Zellen, Zellkerne oder andere Elternobjekte segmentiert wurden welche Kindobjekte oder subzellulären Merkmale gegebenenfalls quantifiziert wurden welche Messwerte verwendet wurden wie Filterung, Gating oder Klassifizierung durchgeführt wurden
2. Einen Cytely-Publikationslink angeben
Bitte geben Sie für die in der Publikation analysierten Daten einen Cytely-Publikationslink an. Über den Cytely-Publikationslink können Leser und Gutachter den analysierten Datensatz öffnen, Gates und Diagramme prüfen, einzelne Datenpunkte anklicken, die zugehörigen Zellbilder ansehen und die Analyse verifizieren, ohne die Originaldaten zu verändern. Um einen Cytely-Publikationslink vorzubereiten, klicken Sie in Cytely auf „Teilen“, um für jeden relevanten Datensatz einen schreibgeschützten Link zu erzeugen. Senden Sie den Link bzw. die Links zusammen mit etwas Kontext an Ihren Cytely-Ansprechpartner oder an support@cytely.io. Cytely bereitet dann den endgültigen Publikationslink vor und stellt sicher, dass der zugehörige Datensatz ordnungsgemäß für die Publikation gesperrt wird. Das gilt unabhängig davon, ob Ihre Publikation einen oder mehrere Cytely-Datensätze verwendet. Für Publikationen mit mehreren Cytely-Datensätzen kann Cytely einen einzigen Publikationslink erstellen, der alle relevanten Datensätze auflistet.
Ein Beispiel für einen geteilten Datensatz finden Sie hier: https://app.cytely.io/essential/c4a8fe20-e879-47db-b202-e790c0e5fb14/results/shared
Empfohlener Text zur Datenverfügbarkeit:
„Die im Rahmen der vorliegenden Studie erzeugten und/oder analysierten Cytely-Datensätze sind verfügbar unter: [Cytely-Publikationslink]“
3. Wo sollte der Cytely-Link platziert werden?
Geben Sie den Cytely-Publikationslink mindestens in der Erklärung zur Datenverfügbarkeit (Data Availability Statement) an. Wo sinnvoll, können Sie Cytely-Links auch in Abbildungslegenden, im Ergebnisteil oder im Methodenteil einfügen, insbesondere wenn ein bestimmter Datensatz eine bestimmte Abbildung oder Aussage direkt stützt.
4. Sicherstellen, dass der Datensatz für die Publikation gesperrt ist
Kontaktieren Sie Cytely vor dem Einreichen Ihres Manuskripts, damit der Datensatz ordnungsgemäß für die Publikation gesperrt werden kann. Um diesen Prozess zu starten, senden Sie Ihren Cytely-Share-Link bzw. Ihre Links an Ihren Cytely-Ansprechpartner oder an support@cytely.io.