Einige der wichtigsten Fragen der Zellbiologie drehen sich nicht um Zellen, sondern um das, was in ihnen steckt. Wie viele Mitochondrien pro Zelle? Wie viele DNA-Schadens-Foci pro Zellkern? Wie viele Lappen hat ein Neutrophilenkern? Die Biologie variiert, das analytische Problem ist dasselbe: Objekte innerhalb von Objekten, gezählt und ihrem Elternobjekt zugeordnet.

Die Herausforderung ist hierarchisch. Klassische Workflows bewältigen eine Segmentierungsebene sauber. Zwei Ebenen mit Aufwand. Drei Ebenen mit intakten Eltern-Kind-Beziehungen: Hier stoßen die meisten Tools an ihre Grenzen. Forschende vereinfachen entweder die Fragestellung oder verbringen Tage mit eigenen Skripten, um wieder zu verbinden, was die Analyse getrennt hat.

Cytely verarbeitet die Hierarchie nativ. Segmentieren Sie Zellen aus einem Kanal und Substrukturen aus einem anderen. Die Eltern-Kind-Beziehungen entstehen automatisch. Jedes Objekt kennt seine Abstammung. Anzahl der Kindobjekte, Gesamtfläche der Kindobjekte und mittlere Intensität der Kindobjekte werden zu Standardmesswerten, die wie jedes andere Merkmal für Gating und Diagramme zur Verfügung stehen.

Das Ergebnis ist Einzelzellauflösung bei den Fragen, die zählen. Nicht „Wie hoch ist die durchschnittliche Foci-Anzahl im Well?“, sondern „Zeig mir die Verteilung der Foci pro Zelle und lass mich auf die starken Responder gaten.“ Das ist der Unterschied zwischen verschwommenen Populationsdaten und biologischer Erkenntnis.

So läuft der Assay ab

Übergeordnete Objekte (z. B. Zellen) segmentieren → Subobjekte innerhalb jedes übergeordneten Objekts detektieren → Anzahl, Fläche, Intensität und Zirkularität der Subobjekte pro übergeordnetem Objekt messen.

Was Sie bereitstellen

  • Ch1: DAPI
  • Ch2: Kanal für Elternobjekte (z. B. Zellkörperfärbung)
  • Ch3: Kanal für Subobjekte (z. B. Organellenmarker)

Was Sie erhalten

  • Subobjekt-Anzahl pro Elternobjekt
  • Gesamte Subobjekt-Fläche pro Elternobjekt
  • Mittlere Subobjekt-Intensität
  • Größenverteilung der Subobjekte

Einsatzbereit

Organellen pro Zelle (mitochondriale Fragmente, Lysosomen, Endosomen), Einschlüsse pro Zellkern (nukleäre Speckles, Cajal-Körper), Vesikel pro Kompartiment (sekretorische Vesikel, endozytische Vesikel), duale Subobjekt-Sätze pro übergeordnetem Objekt (z. B. zwei Organellentypen mit Anzahlverhältnissen).

Für Unterstützung anfragen

Subobjekt-Tracking über die Zeit, räumliche Subobjekt-zu-Subobjekt-Beziehungen innerhalb eines übergeordneten Objekts.

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