Die Translokation von NF-κB in den Zellkern ist eines der am besten untersuchten Ereignisse der Entzündungsbiologie. Das Shuttling von YAP/TAZ ist das Auslesesignal des Hippo-Signalwegs und von entscheidender Bedeutung bei Krebs und Regeneration. Die FOXO-Translokation gibt Auskunft über den Insulin-Signalweg. Sie gehören zu den häufigsten Signalweg-Messgrößen in der Wirkstoffforschung, und alle laufen auf eine Zahl hinaus: das Verhältnis der nukleären zur zytoplasmatischen Intensität.

Die technische Herausforderung besteht darin festzulegen, wo die Intensitäten gemessen werden. Zunächst brauchen Sie eine Maske für den Zellkern (aus DAPI), dann eine zytoplasmatische Maske und anschließend Intensitätsmessungen in beiden Regionen. Mit Allzweck-Tools ist das grundsätzlich machbar, erfordert aber für jedes neue Experiment Konfiguration, Scripting oder den Aufbau einer Pipeline.

Cytely automatisiert die Maskenerstellung: Zellkerne und Zytoplasma segmentieren, die Zellkerne abziehen, die Intensität des Zielkanals in beiden Kompartimenten messen und das Verhältnis berechnen. Das Ergebnis ist ein N/C-Verhältnis pro Zelle, das Sie gegen die Dosis auftragen können, um Translokationskurven zu erstellen.

So läuft der Assay ab

Zellkerne aus DAPI segmentieren → zur ungefähren Zellgrenze dilatieren → Zellkerne subtrahieren, um einen zytoplasmatischen Ring zu erzeugen → Zielkanalintensität in beiden Kompartimenten messen → Verhältnis berechnen.

Was Sie bereitstellen

  • Ch1: DAPI (Kernfärbung)
  • Ch2: Zielprotein (IF oder Fluoreszenz-Tag)

Was Sie erhalten

  • Verhältnis nukleärer zu zytoplasmatischer Intensität (N/C-Verhältnis) pro Zelle
  • % translozierte Zellen pro Bedingung

Einsatzbereit

YAP, NF-κB, FOXO, p65, STAT3, jedes zwischen Kern und Zytoplasma pendelnde Protein.

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Organellenspezifische Translokation (z. B. ER-zu-Golgi).

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