Cytely prend en charge un large éventail de formats de fichiers de microscopie des principaux fabricants, ainsi que des formats standard ouverts. Ce guide répertorie les formats pris en charge et non pris en charge pour vous aider à préparer vos données pour l'analyse.

Formats de fichiers pris en charge

Les formats suivants sont entièrement pris en charge dans Cytely :

  • TIFF (.tif, .tiff) - format ouvert standard pour les images de microscopie
  • OME-TIFF (.ome.tiff, .ome.tif) - format Open Microscopy Environment avec métadonnées intégrées
  • Nikon ND2 (.nd2) - format natif de Nikon. Remarque : un seul champ de vision par fichier image
  • Zeiss CZI (.czi) - format natif de Zeiss. Remarque : un seul champ de vision par fichier image
  • Leica LIF (.lif) - format natif de Leica. Remarque : un seul champ de vision par fichier image
  • Evident/Olympus OIB (.oib) - format natif d'Olympus/Evident. Remarque : un seul champ de vision par fichier image

Formats de fichiers non pris en charge

Les formats suivants ne sont actuellement pas pris en charge :

  • JPG/JPEG (.jpg, .jpeg) - format à compression avec perte, inadapté à l'analyse quantitative
  • PNG (.png) - format d'image web dépourvu de métadonnées de microscopie
  • Nikon NIS-Elements (.nis) - utilisez plutôt l'export ND2
  • Zeiss LSM (.lsm) - ancien format confocal de Zeiss, utilisez plutôt le CZI
  • Leica LOF (.lof) - Leica Object Format, utilisez plutôt le LIF
  • Evident/Olympus OIF (.oif) - utilisez plutôt l'export OIB

Exigences importantes

Lorsque vous travaillez avec des fichiers image dans Cytely, veuillez tenir compte des exigences suivantes :

Un seul champ de vision par fichier : les formats propriétaires (ND2, CZI, LIF, OIB) exigent que chaque fichier image ne contienne qu'un seul champ de vision. Les fichiers multipositions ne sont pas pris en charge.

Des paramètres homogènes dans tout le jeu de données : toutes les images d'un jeu de données doivent avoir les mêmes paramètres d'acquisition, y compris les dimensions, la profondeur de bits et la configuration des canaux.

Tous les canaux dans un seul fichier : les données multicanal doivent être stockées avec tous les canaux dans un seul fichier, et non réparties sur plusieurs fichiers.

Besoin d'aide pour un format spécifique ? Contactez notre équipe d'assistance pour discuter de vos besoins en matière de formats de fichiers.