Si vous publiez des données analysées avec Cytely, veuillez mentionner Cytely dans votre section Méthodes, inclure un lien vers une publication Cytely dans votre déclaration de disponibilité des données et décrire brièvement le flux de travail d'analyse utilisé.
1. Citez Cytely dans votre section Méthodes
Indiquez que l'analyse d'images a été réalisée avec Cytely et donnez suffisamment de détails pour que les lecteurs comprennent les principales étapes de l'analyse. Exemple de texte pour la section Méthodes :
« L'analyse d'images a été réalisée à l'aide de Cytely. Les cellules/noyaux individuels ont été segmentés à partir du canal [canal/marquage] à l'aide de [méthode de segmentation]. L'intensité de fluorescence, la morphologie et les caractéristiques spatiales ont été quantifiées à l'échelle de la cellule unique. Les cellules ont été filtrées et fenêtrées selon [décrire brièvement les critères, par exemple taille, intensité nucléaire, intensité du marqueur, morphologie ou fenêtres définies manuellement]. Les mesures sur cellules uniques ainsi obtenues ont servi à l'analyse en aval de [décrire brièvement la mesure biologique]. »
Il n'est pas nécessaire de décrire chaque détail de mise en œuvre interne. Décrivez plutôt les principales étapes du flux de travail, notamment : quelles images/quels canaux ont été analysés ; comment les cellules, les noyaux ou d'autres objets parents ont été segmentés ; quels objets enfants ou caractéristiques subcellulaires ont été quantifiés, le cas échéant ; quelles mesures ont été utilisées ; comment le filtrage, le fenêtrage ou la classification ont été effectués
2. Incluez un lien de publication Cytely
Veuillez inclure un lien de publication Cytely pour les données analysées dans la publication. Le lien de publication Cytely permet aux lecteurs et aux relecteurs d'ouvrir le jeu de données analysé, d'inspecter les fenêtres et les graphiques, de cliquer sur des points de données individuels, d'afficher les images des cellules correspondantes et de vérifier l'analyse sans modifier les données d'origine. Pour préparer un lien de publication Cytely, cliquez sur Share dans Cytely afin de générer un lien en lecture seule pour chaque jeu de données concerné. Envoyez le ou les liens, accompagnés d'un peu de contexte, à votre contact Cytely ou à support@cytely.io. Cytely préparera alors le lien de publication final et veillera à ce que l'enregistrement du jeu de données associé soit correctement verrouillé pour la publication. Cela s'applique que votre publication utilise un seul jeu de données Cytely ou plusieurs. Pour les publications comportant plusieurs jeux de données Cytely, Cytely peut produire un lien de publication unique qui répertorie tous les jeux de données concernés.
Voir un exemple de jeu de données partagé ici : https://app.cytely.io/essential/c4a8fe20-e879-47db-b202-e790c0e5fb14/results/shared
Texte recommandé pour la disponibilité des données :
« Les jeux de données Cytely générés et/ou analysés au cours de la présente étude sont disponibles à l'adresse : [lien de publication Cytely] »
3. Où placer le lien Cytely ?
Au minimum, incluez le lien de publication Cytely dans la déclaration de disponibilité des données. Si c'est utile, vous pouvez aussi inclure des liens Cytely dans les légendes des figures, dans la section Résultats ou dans la section Méthodes, en particulier lorsqu'un jeu de données précis étaye directement une figure ou une affirmation donnée.
4. Assurez-vous que le jeu de données est verrouillé pour la publication
Avant de soumettre votre manuscrit, contactez Cytely afin que le jeu de données puisse être correctement verrouillé pour la publication. Pour lancer ce processus, envoyez votre ou vos liens de partage Cytely à votre contact Cytely ou à support@cytely.io.