Le comptage de foci est souvent traité comme un problème à un seul canal. Un marqueur, une condition, un décompte par cellule. Cela ne répond qu'à une partie de la question.
Le comptage des foci est souvent traité comme un problème à un seul canal. Un marqueur, une condition, un nombre par cellule. Cela ne répond qu'à une partie de la question.
La biologie implique presque toujours plus d'un marqueur. Les dommages à l'ADN réunissent γH2AX et 53BP1 sur un même site. Le stress réplicatif modifie le rapport entre origines licenciées et origines actives. La colocalisation de deux foci signale un événement moléculaire précis qu'aucun des deux marqueurs ne capture seul.
Le problème se complique rapidement. Compter les foci par cellule dans le canal un, les compter dans le canal deux, puis déterminer quels foci de chaque canal se chevauchent, cellule par cellule, sur des milliers de cellules et dans plusieurs conditions. La plupart des pipelines gèrent un canal et se contentent d'approximer le reste.
Dans Cytely, chaque canal est segmenté indépendamment et les foci sont détectés comme des objets individuels. L'association est ensuite calculée par cellule sur autant de marqueurs que l'expérience l'exige : nombres individuels par canal, plus chaque combinaison de foci colocalisés. La comparaison de ces valeurs entre conditions devient un simple exercice de fenêtrage.
Déroulement du test
Segmenter les cellules → détecter les foci dans les canaux Ch2 et Ch3 indépendamment → compter chaque type par cellule et calculer les ratios. Pour déterminer quels foci individuels du marqueur A sont positifs pour le marqueur B : détecter les spots dans le canal Ch2 et mesurer l'intensité du Ch3 dans ces spots.
Ce que vous fournissez
- Ch1 : DAPI
- Ch2 : marqueur de foci A
- Ch3 : marqueur de foci B
Ce que vous obtenez
- Nombre de foci par canal et par cellule
- Ratio du nombre de foci du marqueur A sur le marqueur B par cellule
- % de cellules positives pour les deux marqueurs
Prêt à l'emploi
Foci de dommages à l'ADN associés aux télomères (γH2AX + FISH télomérique), association autophagosome-mitochondrie (LC3 + TOM20 pour la mitophagie), co-expression FISH à double sonde (% de cellules exprimant le gène A et le gène B), PLA + marqueur de type cellulaire, toute comparaison de puncta à deux canaux.
Sur demande
Mesure de la distance spatiale par spot entre deux ensembles de spots, association de spots en 3D.