조직 세포충실도 정량화: 조직 절편의 핵 계수
Human Protein Atlas에서 가져온 헤마톡실린 염색 인체 조직 절편입니다. 이 예시 데이터셋은 전체 조직 절편에서 핵과 세포를 계수하고 영역별 세포 밀도를 산출하는 방법을 보여줍니다. 검출된 모든 객체는 절편 내 위치를 유지하므로, 조직 맵에서 관심 영역을 직접 게이팅하고 면적, 둘레, 원형도를 비교할 수 있습니다.
실제 작동 보기
이 데이터셋이 Cytely에서 처음부터 끝까지 어떻게 분석되었는지 확인하세요.
방법론
Human Protein Atlas의 헤마톡실린 염색 조직 절편 명시야 이미지. 먼저 전체 조직 절편에 대한 분할 마스크를 생성합니다. 핵은 Overlapping Background Segmentation으로 분할하고, 같은 라벨이 부여된 인접 핵은 워터셰드 단계로 분리합니다. 이어서 핵을 시드로 사용해 주변 세포질을 분할하여 전체 세포 수를 구합니다. 결과는 슬라이드별 점 그래프에서 확인합니다. 슬라이드를 확대하고 게이트를 그리면 조직 영역이 분리되며, 게이트는 후속 그래프와 개요 맵에 전파됩니다. 면적, 둘레, 원형도를 객체별로 표시합니다.
출처 표시
기여자Human Protein Atlas
소속 기관Human Protein Atlas (proteinatlas.org)
연도2015
라이선스CC BY 4.0
인용 형식
Images from the Human Protein Atlas (proteinatlas.org), available under CC BY 4.0. Uhlén M et al., "Tissue-based map of the human proteome." Science 347(6220):1260419, 2015. https://doi.org/10.1126/science.1260419
