TIFF、OME-TIFF、ND2、CZI、LIF、OIB、およびその他のベンダー固有フォーマットの要件を含む、Cytelyがサポートする顕微鏡ファイル形式とサポートしないファイル形式の完全ガイドです。
Cytelyは、主要ベンダーの各種顕微鏡ファイル形式に加え、オープン標準形式にも幅広く対応しています。本ガイドでは、対応形式と非対応形式を一覧で示し、解析に向けたデータ準備をサポートします。
対応ファイル形式
以下の形式はCytelyで完全にサポートされています。
- TIFF（.tif、.tiff）- 顕微鏡画像向けの標準オープン形式
- OME-TIFF（.ome.tiff、.ome.tif）- メタデータを埋め込んだOpen Microscopy Environment形式
- Nikon ND2（.nd2）- Nikonのネイティブ形式。注意: 画像ファイルごとに単一の視野が必要です
- Zeiss CZI（.czi）- Zeissのネイティブ形式。注意: 画像ファイルごとに単一の視野が必要です
- Leica LIF（.lif）- Leicaのネイティブ形式。注意: 画像ファイルごとに単一の視野が必要です
- Evident/Olympus OIB（.oib）- Olympus/Evidentのネイティブ形式。注意: 画像ファイルごとに単一の視野が必要です
非対応ファイル形式
以下の形式は現在サポートされていません。
- JPG/JPEG（.jpg、.jpeg）- 定量解析に適さない非可逆圧縮形式
- PNG（.png）- 顕微鏡メタデータを持たないウェブ画像形式
- Nikon NIS-Elements（.nis）- 代わりにND2エクスポートをご利用ください
- Zeiss LSM（.lsm）- 旧型のZeiss共焦点形式。代わりにCZIをご利用ください
- Leica LOF（.lof）- Leica Object Format。代わりにLIFをご利用ください
- Evident/Olympus OIF（.oif）- 代わりにOIBエクスポートをご利用ください
重要な要件
Cytelyで画像ファイルを扱う際は、以下の要件にご注意ください。
ファイルごとに単一の視野: プロプライエタリ形式（ND2、CZI、LIF、OIB）では、各画像ファイルに単一の視野のみが含まれている必要があります。複数位置のファイルはサポートされていません。
データセット全体で一貫した設定: データセット内のすべての画像は、寸法、ビット深度、チャネル構成を含め、同一の取得設定である必要があります。
すべてのチャネルを単一ファイルに: マルチチャネルデータは、複数ファイルに分割するのではなく、すべてのチャネルを単一のファイルに格納する必要があります。
特定の形式についてサポートが必要ですか？ファイル形式の要件についてはサポートチームまでお問い合わせください。