Cytelyで解析したデータを発表される場合は、Methods（方法）にCytelyを記載し、Data Availability（データの入手可能性）ステートメントにCytelyの論文リンクを含め、使用した解析ワークフローを簡潔に記述してください。
1. MethodsセクションでCytelyを引用する
画像解析がCytelyを用いて行われたことを記載し、読者が主要な解析ステップを理解できるだけの十分な詳細を含めてください。Methods記載文の例:
「画像解析はCytelyを用いて行った。個々の細胞／核を[チャネル／染色]チャネルから[セグメンテーション手法]を用いてセグメンテーションした。蛍光強度、形態、および空間的特徴を単一細胞分解能で定量した。細胞は[基準を簡潔に記載、例: サイズ、核強度、マーカー強度、形態、または手動で定義したゲート]に基づいてフィルタリングおよびゲーティングした。得られた単一細胞測定値を、[生物学的読み出しを簡潔に記載]の下流解析に使用した。」
内部実装の詳細をすべて記載する必要はありません。その代わりに、ワークフローの主要なステップを記載してください。具体的には、どの画像／チャネルを解析したか、細胞・核・その他の親オブジェクトをどのようにセグメンテーションしたか、該当する場合はどの子オブジェクトや細胞内特徴を定量したか、どの測定値を使用したか、フィルタリング・ゲーティング・分類をどのように行ったか、などです。
2. Cytelyのpublicationリンクを含める
出版物で解析したデータについて、Cytelyのpublicationリンクを含めてください。Cytelyのpublicationリンクにより、読者や査読者は解析済みのデータセットを開き、ゲートやプロットを確認し、個々のデータ点をクリックし、対応する細胞画像を表示して、元のデータを変更することなく解析を検証できます。Cytelyのpublicationリンクを準備するには、Cytelyで「Share」を押して、関連する各データセットの読み取り専用リンクを生成してください。そのリンクを、いくつかのコンテキストとともに、Cytelyの担当者またはsupport@cytely.ioへお送りください。Cytelyがその後、最終的なpublicationリンクを準備し、関連するデータセットレコードが出版用に適切にロックされていることを確認します。これは、出版物で1つのCytelyデータセットを使用する場合でも、複数使用する場合でも同様です。複数のCytelyデータセットを含む出版物については、Cytelyは関連するすべてのデータセットを列挙した単一のpublicationリンクを作成できます。
共有データセットの例はこちらをご覧ください: https://app.cytely.io/essential/c4a8fe20-e879-47db-b202-e790c0e5fb14/results/shared
推奨されるData Availability記載文:
「本研究の過程で生成および／または解析されたCytelyデータセットは、以下から入手可能である: [Cytely publicationリンク]」
3. Cytelyのリンクはどこに配置すべきか？
少なくとも、CytelyのpublicationリンクをData Availabilityの記述に含めてください。有用な場合は、特に特定のデータセットが特定の図や主張を直接裏付けているときには、図の凡例、Resultsセクション、またはMethodsセクションにもCytelyリンクを含めていただいて構いません。
4. データセットが出版用にロックされていることを確認する
原稿を投稿する前に、データセットを出版用に適切にロックできるようCytelyにご連絡ください。このプロセスを開始するには、CytelyのShareリンクを、Cytelyの担当者またはsupport@cytely.ioへお送りください。