細胞生物学における最も重要な問いのいくつかは、細胞そのものについてではなく、細胞の中に何があるかについてです。1細胞あたりのミトコンドリア数は？1核あたりのDNA損傷フォーサイの数は？さらに… 解析の実際の様子はこちら：https://youtube.com/watch?v=8mtTu3NOQsQ
細胞生物学における最も重要な問いのいくつかは、細胞そのものではなく、その内部にあるものについてです。細胞ごとにミトコンドリアは何個あるのか？核ごとにDNA損傷フォーサイは何個あるのか？好中球の核には何個の分葉があるのか？生物学的な内容は異なっても、解析上の問題は同じです。オブジェクトの中のオブジェクトを数え、それをその親に帰属させることです。
この課題は階層的です。従来のワークフローは1階層のセグメンテーションであればきれいに処理できます。2階層なら、労力をかければ可能です。親子関係を保ったままの3階層となると、ほとんどのツールが限界に達します。研究者は問いを単純化するか、解析によって切り離されたものを再びつなぎ合わせるために何日もカスタムスクリプトに費やすことになります。
Cytelyはこの階層をネイティブに処理します。1つのチャネルから細胞を、別のチャネルから下位構造をセグメンテーションします。親子関係は自動的に構築されます。すべてのオブジェクトがその系統情報を保持します。子の数、子の総面積、子の平均強度が標準的な測定項目となり、他の特徴量と同じようにゲーティングやプロットに利用できます。
その結果、重要な問いに対して単一細胞レベルの解像度が得られます。「ウェル全体でのフォーサイ数の平均はいくつか」ではなく、「細胞ごとのフォーサイ数の分布を見せて、高反応性の細胞でゲーティングさせてほしい」に答えられます。それが集団のぼやけと生物学的洞察との違いです。
アッセイの実行方法
親オブジェクト（細胞など）をセグメンテーション → 各親の内部で下位オブジェクトを検出 → 親ごとに下位オブジェクトの数、面積、強度、円形度を測定。
ご用意いただくもの
- Ch1: DAPI
- Ch2: 親オブジェクトのチャネル（細胞体染色など）
- Ch3: 下位オブジェクトのチャネル（オルガネラマーカーなど）
得られるもの
- 親ごとの下位オブジェクト数
- 親ごとの下位オブジェクトの総面積
- 下位オブジェクトの平均強度
- 下位オブジェクトのサイズ分布
すぐに実行可能
細胞ごとのオルガネラ（ミトコンドリア断片、リソソーム、エンドソーム）、核ごとの封入体（核スペックル、Cajal体）、コンパートメントごとの小胞（分泌小胞、エンドサイトーシス小胞）、親ごとの2種類の下位オブジェクトセット（2種類のオルガネラとその数の比率など）。
サポートについてはお問い合わせください
下位オブジェクトの経時的なトラッキング、親の内部での下位オブジェクト間の空間的関係。