NF-κBの核内への移行は、炎症生物学において最もよく研究されている事象の一つです。YAP/TAZのシャトリングはHippo経路の読み出しであり、がんなどにおいて極めて重要です… 解析の実際の様子はこちら：https://youtube.com/watch?v=kDdKmLDTt1U
NF-κBが核内へ移行することは、炎症生物学においてもっともよく研究されている事象の一つです。YAP/TAZのシャトリングは、がんと再生において重要なHippo経路の読み出しです。FOXOの移行は、インスリンシグナル伝達を反映します。これらは創薬におけるもっとも一般的なシグナル伝達経路の読み出しに含まれ、いずれも最終的には一つの数値、すなわち核質比（核と細胞質の強度比）に帰着します。
技術的な課題は、どこで強度を測定するかを定義することです。まず（DAPIから）核をマスクし、次に細胞質のマスクを作成し、その両方の領域で強度を測定する必要があります。汎用ツールでも実行可能ですが、新しい実験ごとに設定、スクリプト作成、あるいはパイプラインの構築が必要になります。
Cytelyはマスク生成を自動化します。核と細胞質をセグメンテーションし、核を差し引き、両方のコンパートメントで対象チャネルの強度を測定し、比を計算します。その結果は細胞ごとのN/C比であり、用量に対してプロットすることで移行曲線を作成できます。
アッセイの実行方法
DAPIから核をセグメンテーション → 拡張して細胞境界を近似 → 核を差し引いて細胞質のリングを作成 → 両方のコンパートメントで対象チャネルの強度を測定 → 比を計算。
ご用意いただくもの
- Ch1：DAPI（核染色）
- Ch2：対象タンパク質（IFまたは蛍光タグ）
得られるもの
- 細胞ごとの核質比（N/C比）
- 条件ごとの移行細胞の割合（％）
すぐに実行可能
YAP、NF-κB、FOXO、p65、STAT3など、核と細胞質の間をシャトリングするあらゆるタンパク質。
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オルガネラ特異的な移行（例：小胞体からゴルジ体へ）。