顕微鏡観察において、定性的な観察から定量的なデータへの移行は大きな課題です。手動での解析はユーザーのバイアスを受けやすく、大規模なデータセットには実用的ではありません。一方、多くの自動化ソリューションでは、定量データと元の視覚的コンテキストとのつながりが見えにくくなってしまいます。 Cytelyは、自動画像セグメンテーションとインタラクティブなデータ探索を統合することで、これらの課題に取り組むために設計されたWebベースのツールです。細胞集団から定量的な指標を導き出し、それらの指標をソース画像とリアルタイムで結び付ける、体系的なワークフローを提供します。
生画像から実用的なデータへのこの移行を促進するため、Cytelyは一連の中核的な機能を軸に構築されています。それぞれの機能は、細胞情報を体系的に処理、解析、可視化し、定量的な結果がその視覚的な出所と直接結びついたままであることを保証するよう設計されています。
プラットフォームの中核機能：
オブジェクトの自動セグメンテーションと測定： 本ソフトウェアはまず、画像内のオブジェクト（通常は核）の自動検出とセグメンテーションを実行します。特定された各オブジェクトについて、面積、真円度、長軸/短軸の長さ、チャネルごとの平均蛍光強度を含む、一連の形態学的および強度ベースのパラメータを計算します。このプロセスにより、細胞集団全体を表す包括的なデータセットが生成されます。
インタラクティブなデータ可視化とゲーティング： 定量データはインタラクティブな散布図として表示されます。ユーザーは測定された任意のパラメータを別のパラメータに対してプロットし、集団の分布を可視化できます。これらのプロット上で、対象領域、すなわち「ゲート」を描いて特定の亜集団を分離できます。これにより、デブリや凝集塊の客観的なフィルタリング、あるいは特定の表現型基準（例：高蛍光、特定のサイズ）に基づく細胞の選択が可能になります。
画像とデータの直接的なリンク： このワークフローの重要な特徴は、散布図上のデータ点と元画像内の細胞との間に持続的なリンクが保たれることです。プロット上でゲーティングした集団を選択すると、元画像上の対応する細胞が即座にハイライトされ、個々の切り出しサムネイルとして表示されます。この視覚的フィードバックのループは、ゲーティング戦略を検証し、解析対象の亜集団の形態を確認するうえで極めて重要です。
このアプローチは、細胞カウント、品質管理、複雑なサンプル内で表現型の異なる細胞集団の特定といったタスクに対して、より客観的で再現性の高い方法を促進します。