多くの研究者は顕微鏡画像を撮影した後、見たものを形容詞で表現します。「細胞が大きく見える」「処理後に丸くなったようだ」といった具合です。 解析の実際の様子はこちら：https://youtube.com/watch?v=3_ZQGB8qcyY
多くの研究者は顕微鏡画像を撮影した後、見たものを形容詞で表現します。「細胞が大きく見える」「処理後に丸くなったようだ」といった具合です。
これらは実際の観察結果です。形態は、薬剤効果、毒性、分化を示す最も早期かつ高感度な指標の一つです。しかし、形容詞を統計検定にかけることはできません。
Cytelyは、すべての細胞について面積、円形度、伸長度、周囲長、マルチチャネル強度を抽出します。視覚的な直感を数値に、数値をゲーティング可能な集団に変換します。「違って見える」細胞は散布図上の明確なクラスターとなり、定量し、条件間で比較し、再現することができます。
形態は、表現型スクリーニングで利用できる最も低コストで情報密度の高い読み出しです。核染色と細胞体マーカー以外に特別な試薬は必要ありません。AIを活用したフェノミクスは創薬において最も急速に成長している分野の一つであり、その出発点は信頼性の高い細胞ごとの形態抽出です。
アッセイの実行方法
DAPIから核をセグメンテーション → 任意で細胞境界の近似へ拡張、または第2チャネルで細胞体をセグメンテーション → 全チャネルにわたって細胞ごとに形態的・強度的特徴を測定 → 2次元散布図を用いてインタラクティブに探索・ゲーティング。
ご用意いただくもの
- Ch1：DAPI（核染色）
- Ch2-4: 細胞体染色、細胞骨格マーカー、または対象タンパク質のチャネル（IFまたは蛍光タグ）
得られるもの
- 面積
- 円形度
- 伸長度（長軸/短軸比）
- 細胞ごとの周囲長
- チャネルごとの平均/中央値/最小/最大強度
すぐに実行可能
核のみの形態、全細胞の形態(細胞体染色を併用)、マルチチャネル強度プロファイリング(最大4チャネル)、明視野細胞セグメンテーション、細胞種分類のためのインタラクティブな集団ゲーティング、細胞伸展面積/基質伸展アッセイ(ファロイジン/F-アクチン)、血小板伸展の形態計測。
サポートについてはお問い合わせください
テクスチャ特徴(Haralick)、機械学習ベースの表現型分類器、細胞形状の埋め込み。